la diferencia es que cuando una referencia externa «B» en autocad está superpuesta en vez de enlazada en un archivo «A», es que dicha referencia «B» no se ve si el archivo «A» fuese enlazado en otro archivo «C», es cómodo para enlazarlas en referencias externas y trabajar con ellas, sin miedo de hacer llamadas de referencias cíclicas, dando estás últimas muchos problemas en lo archivos de cad, cada cuál use el método más optimo para su trabajo.
suerte con el trabajo.